たゆたえども沈まず-有機化学あれこれ- http://orgchemical.seesaa.net/ どっかの有機やってるひと。有機化学のことをつぶやいたり、化学の話をつぶやいたりする予定。 ja http://blogs.law.harvard.edu/tech/rss どっかの有機やってるひと。有機化学のことをつぶやいたり、化学の話をつぶやいたりする予定。 有機化学、天然物化学、有機合成化学、天然物合成 樹 no http://orgchemical.seesaa.net/article/483614080.html GrammarlyとDeepLだけで論文だしてみた話 Sat, 02 Oct 2021 09:45:00 +0900 まだ生きてたの？このブログ(呆というわけで＞6か月振りの更新です。論文出してたり某誌で連載が始まったりプレスにリリースしたりしてる程度にはとりあえず生きてます。まだ沈んでないよー、たぶん。さてその論文投稿、英語論文原稿の校閲は、これまで外部業者に出してきたのですが、金かかるのは置いといて、これ意外と困るんですよ。Submit前に校閲出して修正→submitするわけですが、出したやつがそのまま通る事なんてそうそうありません。このあとrejectされたりrejectされたりmaj.. 続きを読む ]]> というわけで＞6か月振りの更新です。論文出してたり某誌で連載が始まったりプレスにリリースしたりしてる程度にはとりあえず生きてます。まだ沈んでないよー、たぶん。

さてその論文投稿、英語論文原稿の校閲は、これまで外部業者に出してきたのですが、金かかるのは置いといて、これ意外と困るんですよ。Submit前に校閲出して修正→submitするわけですが、出したやつがそのまま通る事なんてそうそうありません。このあとrejectされたりrejectされたりmajor revisionで無茶振りされたりするわけです。追加実験で本文原稿が増えたり追加項目で話の流れが変わったりすることもそうですが、別の論文誌、特に速報誌Communicationsから「フルペーパーとして出せ」と言われると、原稿も大幅に増強しないといけなくなります。となると、最初に投げた校閲が結局形を成さなくなる場合も。それとは別に個人的な事情として、金の出しどころが難しいタイミングだったので(なんで使途がやけに厳密に決まるんですかねこういうの)、外部英文校閲に出さなくてもどうにかならんものか、という状態になっておりました。

そんな中、英文のお手軽かつ(そこそこ)ちゃんとした翻訳を出してくれる機械学習型翻訳DeepLがそれなりに前から話題になっていたこと、そして機械学習型英文校閲サービスGrammarlyの評判も上がってきたこともあり、この二つを駆使して論文を書いてみることにしました。

続きを読む ]]> 化学とネット・PC 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/483614080 http://orgchemical.seesaa.net/article/480649069.html 一軒家みたいな形をした天然物の話 Mon, 29 Mar 2021 09:00:00 +0900 ビルやタワーのような建造物と同じように、ミクロな建造物ともいえる分子の形も有機無機にかかわらず人を惹き続けてきました。実用性や機能性とかはさておき形だけでも注目を集めるあたり、テンプレビルよりもどうかしてる(誉め言葉)形状の建造物が目立つのと同じ匂いがします。そんな分子のなかで、3角形のシクロプロパン環と4角形のシクロブタン環がつながった分子構造は通称ハウサン骨格と言われています。"Housane"という名前からも分かる通り、シクロプロパンを屋根とした「家」の見た目からつけら.. housane05_ssz-housane.jpg ※ハウサン骨格自体には煙突もといMeは要りません(ツッコむとこはそこなのか 作り方にもいろいろあるんだとは思いますが、最近では5角形のシクロペンタンからの分子内SN2反応でトイメンの頂点とつないでハウサンのカルボン酸を100gスケールで作ってしまうという報告が出てきました。ウクライナが誇るEnamine社のグループですが、東欧・旧ソ連界隈ってこういうマニアックなことやってくるから好き。 Building the Housane: Diastereoselective Synthesis and Characterization of Bicyclo[2.1.0]pentane Carboxylic Acids O. O. Grygorenko, et al. J. Org. Chem. 2020, 85, 4, 2321. なお、分子構造としては家のような平面ではなく、四角形シクロブタンを平面とした場合に屋根は紙面に対してほぼ直角に立っています。結構無理がある形をしてはいますが、『どう考えてもむりでしょこれ』という構造も自然界は作り上げてしまうのでないとは言い切れません。 天然物はどこまで歪めるか そんな一軒家分子が最近出てきたので、その話を。 続きを読む ]]>
そんな分子のなかで、3角形のシクロプロパン環と4角形のシクロブタン環がつながった分子構造は通称ハウサン骨格と言われています。"Housane"という名前からも分かる通り、シクロプロパンを屋根とした「家」の見た目からつけられています。いいの？そんな名前の付け方で。

housane05_ssz-housane.jpg

※ハウサン骨格自体には煙突もといMeは要りません(ツッコむとこはそこなのか


作り方にもいろいろあるんだとは思いますが、最近では5角形のシクロペンタンからの分子内SN2反応でトイメンの頂点とつないでハウサンのカルボン酸を100gスケールで作ってしまうという報告が出てきました。ウクライナが誇るEnamine社のグループですが、東欧・旧ソ連界隈ってこういうマニアックなことやってくるから好き。

Building the Housane: Diastereoselective Synthesis and Characterization of Bicyclo[2.1.0]pentane Carboxylic Acids
O. O. Grygorenko, et al.
J. Org. Chem. 2020, 85, 4, 2321.

なお、分子構造としては家のような平面ではなく、四角形シクロブタンを平面とした場合に屋根は紙面に対してほぼ直角に立っています。結構無理がある形をしてはいますが、『どう考えてもむりでしょこれ』という構造も自然界は作り上げてしまうのでないとは言い切れません。

天然物はどこまで歪めるか

そんな一軒家分子が最近出てきたので、その話を。

続きを読む ]]> 化合物・反応お名前 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/480649069 http://orgchemical.seesaa.net/article/480347635.html 校正履歴が残ったSupporting Infoの話 Sat, 06 Mar 2021 21:43:00 +0900 2020年論文オブザイヤー回？知らない子ですねえ・・・・(完全にあきらめたそれはさておき、新しい論文が出た時、論文本体だけで(´つヮ⊂)ｳｵｫｫ！！！と盛り上がることが大半です。そりゃそうです。性善説で成り立ってるし、ニュースのソースとファクトまで全員が追ってないのと同じです。で、論文はそのためのファクトソースとしてSupporting Information (SI)という、論文本体とは別に用意されているデータ等を載せた別ファイルがあり、投稿時に提出が必須となっています。論.. 続きを読む ]]>

それはさておき、新しい論文が出た時、論文本体だけで(´つヮ⊂)ｳｵｫｫ！！！と盛り上がることが大半です。そりゃそうです。性善説で成り立ってるし、ニュースのソースとファクトまで全員が追ってないのと同じです。で、論文はそのためのファクトソースとしてSupporting Information (SI)という、論文本体とは別に用意されているデータ等を載せた別ファイルがあり、投稿時に提出が必須となっています。論文本文ばかりに目が行きますが、元々大変なのにこれまでの数々の輩のせいでデータチェックが非常にというか異常なレベルで厳しくなった今や、労力の大半がこのSI作成とデータ収集に費やされることになっています。でも偉い人ほどザルだな？

その一方、論文本体は購読しないと読めないですが、SIは多くの場合完全にオープンになっていて、誰でも読めるようになっています。そういう意味では、誰でも実験をトレースできるようなスタイルには元々論文誌はなっているのです。実際実験してると、実験方法の参照だったりデータの照合だったりで本文よりも見ることが多いのですが、SIって実はかなり適当で、著者ごとに体裁が大幅に違ってたりします。論文本体は投稿した先の論文誌フォーマットに従って直されるのにね。そのせいか、論文出版後にもかかわらず、SIとして完成稿になってない、特に校正途中と思われるファイルが出されたパターンも見ることがあります。
今回はそんなものを集めてみました。
(実際には探し回って見つけるほど暇じゃないので、これまでに見つけたコレクションから載せてます。コレクションしてる時点で暇人だな？


続きを読む ]]> 研究・論文不正 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/480347635 http://orgchemical.seesaa.net/article/480044290.html 化学系研究室における地震対策関連オープンアクセス記事ほかのまとめ (東京化学同人, 化学同人の関連記事無料公開を追記) Tue, 16 Feb 2021 00:11:00 +0900 ご存じの通り東北で大きな地震が発生しました。今また研究室での安全管理対策、耐震などを考え直す、または改めてチェックしているところも多いかと思います。これに関連して、有機合成化学協会誌が過去の震災関連記事をオープンアクセスにしました。体験者が語る大変重要なことがいくつも書かれています。とりいそぎ、そのOA化のお知らせがてら、関連する雑誌なども併せて載せておきます。【有機合成化学協会誌】 震災関連記事のオープンアクセス化について・熊本地震からの復興と教訓 (2017年, 石川 勇.. 震災関連記事のオープンアクセス化について ・熊本地震からの復興と教訓 (2017年, 石川 勇人, 西野 宏, 中島 誠, 小谷 俊介) ・大地震に遭遇して (2011年, 桑原重文) ・阪神淡路大震災 : 災害からの復興と教訓 (1997年, 加藤次裕) ・阪神大震災からの復興 : 甲南大学有機化学研究室の事例 (1997年, 山田 隆己) 【日本化学会「化学と工業」】 未曽有の東日本大震災。心構えと必要な緊急対策 (2011年, 山本嘉則) 現代化学、月刊化学は出版社サイトですので各自ご購入ください(と書いてる本人も持ってないので買わないとこれは・・・特に2011年の現代化学9月号と月刊化学12月号)。ただし、だいぶ前のバックナンバーで在庫がどんなもんなのかが読めないので、大学図書館などで探したほうが確実かもしれません。 【東京化学同人】 研究室を地震から守るには━東日本大震災の教訓━ (現代化学2011年9月号) -------------------------------- 2021.2.18 追記 東京化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたのでリンク先を変更しました。 【記事公開のお知らせ】10年前の大地震のあと、研究室を守るための教訓を大勢の先生方にご協力いただき記事にまとめました。バックナンバーが入手しづらいため無料公開いたします。10年前の内容ですが、今後の備えに少しでも役立ちましたら幸いです。https://t.co/XKrlJjObyB pic.twitter.com/3kHfUSNh5R— 東京化学同人 (@tkd_pbl) February 17, 2021 -------------------------------- 【化学同人】 ・月刊「化学」東日本大震災の地震対策関連資料の公開 (月刊化学2011年12月号) ・【特集】東日本大震災─科学者たちが語る被災体験と提言 (月刊化学2011年5月号) ・【特集】理工系大学の「根本的な地震対策」を考える (月刊化学2011年12月号) ・【特集】福島第一原子力発電所事故から10年──廃炉への化学のかかわり (月刊化学2021年3月号) ↑地震対策とは直接関係ないですが、関連の新刊ということで載せました -------------------------------- 2021.2.22 追記 化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたので上記公開リンクを追加しました。 月刊「化学」東日本大震災の地震対策関連資料の公開https://t.co/iXmMDRzr2a 2021年2月13日の地震で，多くの方がご自身の研究環境での安全管理対策，耐震対策などを改めてご検討されていらっしゃることと存じます．その一助になればと，2011年12月号の『化学』特集記事を無料公開します！— 化学同人 kagakudojin (@kagakudojin) February 22, 2021 -------------------------------- ]]> 今また研究室での安全管理対策、耐震などを考え直す、または改めてチェックしているところも多いかと思います。

これに関連して、有機合成化学協会誌が過去の震災関連記事をオープンアクセスにしました。体験者が語る大変重要なことがいくつも書かれています。とりいそぎ、そのOA化のお知らせがてら、関連する雑誌なども併せて載せておきます。


【有機合成化学協会誌】
震災関連記事のオープンアクセス化について

・熊本地震からの復興と教訓 (2017年, 石川 勇人, 西野 宏, 中島 誠, 小谷 俊介)
・大地震に遭遇して (2011年, 桑原重文)
・阪神淡路大震災 : 災害からの復興と教訓 (1997年, 加藤次裕)
・阪神大震災からの復興 : 甲南大学有機化学研究室の事例 (1997年, 山田 隆己)


【日本化学会「化学と工業」】
未曽有の東日本大震災。心構えと必要な緊急対策 (2011年, 山本嘉則)



現代化学、月刊化学は出版社サイトですので各自ご購入ください(と書いてる本人も持ってないので買わないとこれは・・・特に2011年の現代化学9月号と月刊化学12月号)。ただし、だいぶ前のバックナンバーで在庫がどんなもんなのかが読めないので、大学図書館などで探したほうが確実かもしれません。


【東京化学同人】
研究室を地震から守るには━東日本大震災の教訓━ (現代化学2011年9月号)

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2021.2.18 追記

東京化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたのでリンク先を変更しました。



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【化学同人】
・月刊「化学」東日本大震災の地震対策関連資料の公開 (月刊化学2011年12月号)

・【特集】東日本大震災─科学者たちが語る被災体験と提言 (月刊化学2011年5月号)
・【特集】理工系大学の「根本的な地震対策」を考える (月刊化学2011年12月号)
・【特集】福島第一原子力発電所事故から10年──廃炉への化学のかかわり (月刊化学2021年3月号)
↑地震対策とは直接関係ないですが、関連の新刊ということで載せました

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2021.2.22 追記
化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたので上記公開リンクを追加しました。



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]]> 事故・爆発・毒物 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/480044290 http://orgchemical.seesaa.net/article/479346472.html 近況報告的ななにか Sun, 03 Jan 2021 21:15:48 +0900 こっそり(?)場所移ったんですよ。そういうわけでなんというかですね、公私ですね、そのというわけで毎年やってた「論文オブザイヤー」の2020年版、マジで無理でした_(:3」∠)_いや候補論文は年初から集めてていっぱいあるんですが、整理と準備までは_(:3」∠)_まあこのブログ自体着弾して半年以上たってから始めたわけだし、落ち着くまでしばらくは仕方ないね( ˘ω˘ ) (突然の正当化そんなわけで2020年論文オブザイヤー、年度内に上げるのを当座の目標にします・・・(震え声年々更新.. [金田一少年の事件簿] やることが多い.jpg というわけで毎年やってた「論文オブザイヤー」の2020年版、マジで無理でした_(:3」∠)_ いや候補論文は年初から集めてていっぱいあるんですが、整理と準備までは_(:3」∠)_ まあこのブログ自体着弾して半年以上たってから始めたわけだし、落ち着くまでしばらくは仕方ないね( ˘ω˘ ) (突然の正当化 そんなわけで2020年論文オブザイヤー、年度内に上げるのを当座の目標にします・・・(震え声 年々更新頻度が下がってますが、今年は(これ除いて)4つは書きたいところ。他にも、前と同じことしててもアレなのでなんか新しい動きが出来たらなあ、と思ってます。 が、この出歩けない＆外出学会もない状況だとそれもきっついな？あ、Youtuberはやーよ。 ]]>
[金田一少年の事件簿] やることが多い.jpg

というわけで毎年やってた「論文オブザイヤー」の2020年版、マジで無理でした_(:3」∠)_
いや候補論文は年初から集めてていっぱいあるんですが、整理と準備までは_(:3」∠)_
まあこのブログ自体着弾して半年以上たってから始めたわけだし、落ち着くまでしばらくは仕方ないね( ˘ω˘ )
(突然の正当化
そんなわけで2020年論文オブザイヤー、年度内に上げるのを当座の目標にします・・・(震え声

年々更新頻度が下がってますが、今年は(これ除いて)4つは書きたいところ。他にも、前と同じことしててもアレなのでなんか新しい動きが出来たらなあ、と思ってます。
が、この出歩けない＆外出学会もない状況だとそれもきっついな？あ、Youtuberはやーよ。

]]> 有機化学雑記 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/479346472 http://orgchemical.seesaa.net/article/478066676.html オンライン学会に関する所感 Sun, 01 Nov 2020 18:02:00 +0900 2020年に入り全てが激変、すっかり「学会はオンラインでやるもの」と化してしまった感があります。COVID-19以前に戻るとは到底思えないので、「実地学会の発表未経験世代」どころか近いうち「現地開催の学会の存在そのものを知らない世代」も出てくるのでは。それにしてもこれ元に戻ったとしても旅費申請しづらくね？『オンラインにすればタダですよね？(ﾆｯｺﾘ不支給)』とかなりそう。さてそんなこんなでオンラインでの学会で発表したりしなかったり呼ばれたり呼ばれなかったり呼ばれなかったりして.. 続きを読む ]]>
さてそんなこんなでオンラインでの学会で発表したりしなかったり呼ばれたり呼ばれなかったり呼ばれなかったりしてましたので、なんとなく思ったことを羅列して、更新のお茶を濁すことにします(何


続きを読む ]]> 有機化学雑記 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/478066676 http://orgchemical.seesaa.net/article/476579994.html 恐怖のシクロヘキシルメチル基を回避する話 Wed, 05 Aug 2020 09:00:00 +0900 ベンゼン環といえば有機化学だけでなく化学、科学全般はおろか、一般人でも見たことあるレベルの「ザ・化学(っぽい)」なイメージが広く知れ渡った化学構造と言えます。6員環に便宜上3つの不飽和結合で表記した「シクロヘキサトリエン」として描かれますが、実際にはそれぞれがオレフィンのような挙動を示すわけではなく、非局在化・芳香族性によって強力に安定化された構造となっています。その安定性もあって、大概燃やしたらベンゼン環含む何かにはなるので潤沢にある資源でもあります。この2次元構造であるベ.. アンゲで大炎上した人みたいに酵素による不斉酸化などをつかって天然物合成でもやられてきましたが、ここ10年くらいでさらに複雑な手法が発展し、無置換ベンゼンからの全合成まで登場しました。 BenzylDeprotect09.jpg BenzylDeprotect10.jpg Synthesis of (+)-Pancratistatins via Catalytic Desymmetrization of Benzene D. Sarlah et al. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 15656 Catalytic Three-component C–C Bond Forming Dearomatization of Bromoarenes with Malonates and Diazo Compounds K. Muto, J. Yamaguchi, et al. Chem. Sci. DOI: 10.1039/D0SC02881A 一方、こういった置換でsp3分子に変えていくスタイルだけでなく、単純に還元してsp3分子に変換、未知の分子と構造による化学的性質を解明しようという基礎的な研究も盛んです。例えば、塩素やフッ素といったハロゲンを持つベンゼンを、ハロゲンを還元的に飛ばすことなく、かつベンゼン環をシクロヘキサトリエンかのように水素付加してその(形式的)2重結合を還元し、ヤヌス型分子を合成してそのコンホメーション、相互作用を解明するという、きわめて基礎科学的な研究も2020年だけで多数報告されています。 BenzylDeprotect07.jpg BenzylDeprotect08.jpg Janus face all‐cis 1,2,4,5‐tetrakis(trifluoromethyl)‐ and all‐cis 1,2,3,4,5,6‐hexakis(trifluoromethyl)‐ cyclohexanes D. O'Hagan, et al. Angew. Chem. Int. Ed. DOI: 10.1002/anie.202008662 From Hexaphenylbenzene to 1,2,3,4,5,6-Hexacyclohexylcyclohexane A. Narita, K. Müllen, et al. J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 12916. アレーン類の水素化反応による官能基を有する飽和環式化合物の合成 (Review de Debut, オープンアクセス) 渡邉康平 有機合成化学協会誌 2020, 78, 723. ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 2020.10.05追記 Correction to “From Hexaphenylbenzene to 1,2,3,4,5,6-Hexacyclohexylcyclohexane” JACS DOI: 10.1021/jacs.0c09797 訂正入りました。全部飽和したと思ったら一個オレフィン残ってたんだってさ。 元論文見たら1H NMRしかないじゃんこれ。あと収率もないし。タイトルまで変わるわけで、これretractじゃなくてcorrectionで通っちゃうんだってなりましたまる。 ------------------------------------------------------------------------------------------------------ とはいうものの、日常的にはあまりベンゼン環自体を還元することはそうそう一般的な話ではないんですけどね。そもそも頑丈だし。 一方、芳香族化合物を取り扱ってない人でも多段階合成を行う際よく登場するベンゼン環といえば保護基として知られるベンジル(Bn)基があります。水素ガス雰囲気下Pd触媒などによる水素化分解で簡単に？外せる点が売りです。この際、ベンゼン環自体は壊れていません。なお、この脱保護は「水素化分解(hydrogenolysis)」であって2重結合の還元のような「水素化(hydrogenation)」ではないので用語に注意。 ところがどっこいこのベンジル基、肝心な時で外れないことでもおなじみ。外れないのでもむかつくのに、頑丈なはずのベンゼン環が水素化分解条件で見事に水素化還元され、シクロヘキシルメチル基に変化して外せないｵﾜﾀ、となるケースすらあります。こうなると本当にどうしようもありません。てかお前「シクロヘキサトリエンじゃない」んじゃなかったんかい、普段頑丈で言うこときかないくせに。 BenzylDeprotect00.jpg ・保護基をめぐる恐怖譚 (有機化学美術館・分館) 「なあ……誰かシクロヘキシルメチル基の外し方を知らないか？」 uwaaa.gif そんな懐かしのAA置いてるくらい余裕あるならいいですが、大概絶望のどん底に突き落とされることになります。 そんな怪談ネタばかりをを夏よろしくかき集めた怪談話・・・をしてもいいんですが、これ以上人間を絶望に追いやることをするのも憚られるご時世なので、その回避法についての話も上げることにします。 続きを読む ]]> アンゲで大炎上した人みたいに酵素による不斉酸化などをつかって天然物合成でもやられてきましたが、ここ10年くらいでさらに複雑な手法が発展し、無置換ベンゼンからの全合成まで登場しました。

BenzylDeprotect09.jpg
BenzylDeprotect10.jpg

Synthesis of (+)-Pancratistatins via Catalytic Desymmetrization of Benzene
D. Sarlah et al.
J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 15656

Catalytic Three-component C–C Bond Forming Dearomatization of Bromoarenes with Malonates and Diazo Compounds
K. Muto, J. Yamaguchi, et al.
Chem. Sci. DOI: 10.1039/D0SC02881A


一方、こういった置換でsp3分子に変えていくスタイルだけでなく、単純に還元してsp3分子に変換、未知の分子と構造による化学的性質を解明しようという基礎的な研究も盛んです。例えば、塩素やフッ素といったハロゲンを持つベンゼンを、ハロゲンを還元的に飛ばすことなく、かつベンゼン環をシクロヘキサトリエンかのように水素付加してその(形式的)2重結合を還元し、ヤヌス型分子を合成してそのコンホメーション、相互作用を解明するという、きわめて基礎科学的な研究も2020年だけで多数報告されています。

BenzylDeprotect07.jpg
BenzylDeprotect08.jpg

Janus face all‐cis 1,2,4,5‐tetrakis(trifluoromethyl)‐ and all‐cis 1,2,3,4,5,6‐hexakis(trifluoromethyl)‐ cyclohexanes
D. O'Hagan, et al.
Angew. Chem. Int. Ed. DOI: 10.1002/anie.202008662

From Hexaphenylbenzene to 1,2,3,4,5,6-Hexacyclohexylcyclohexane
A. Narita, K. Müllen, et al.
J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 12916.

アレーン類の水素化反応による官能基を有する飽和環式化合物の合成
(Review de Debut, オープンアクセス)
渡邉康平
有機合成化学協会誌 2020, 78, 723.

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2020.10.05追記
Correction to “From Hexaphenylbenzene to 1,2,3,4,5,6-Hexacyclohexylcyclohexane”
JACS DOI: 10.1021/jacs.0c09797

訂正入りました。全部飽和したと思ったら一個オレフィン残ってたんだってさ。
元論文見たら1H NMRしかないじゃんこれ。あと収率もないし。タイトルまで変わるわけで、これretractじゃなくてcorrectionで通っちゃうんだってなりましたまる。

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とはいうものの、日常的にはあまりベンゼン環自体を還元することはそうそう一般的な話ではないんですけどね。そもそも頑丈だし。

一方、芳香族化合物を取り扱ってない人でも多段階合成を行う際よく登場するベンゼン環といえば保護基として知られるベンジル(Bn)基があります。水素ガス雰囲気下Pd触媒などによる水素化分解で簡単に？外せる点が売りです。この際、ベンゼン環自体は壊れていません。なお、この脱保護は「水素化分解(hydrogenolysis)」であって2重結合の還元のような「水素化(hydrogenation)」ではないので用語に注意。

ところがどっこいこのベンジル基、肝心な時で外れないことでもおなじみ。外れないのでもむかつくのに、頑丈なはずのベンゼン環が水素化分解条件で見事に水素化還元され、シクロヘキシルメチル基に変化して外せないｵﾜﾀ、となるケースすらあります。こうなると本当にどうしようもありません。てかお前「シクロヘキサトリエンじゃない」んじゃなかったんかい、普段頑丈で言うこときかないくせに。

BenzylDeprotect00.jpg

・保護基をめぐる恐怖譚 (有機化学美術館・分館)

「なあ……誰かシクロヘキシルメチル基の外し方を知らないか？」

uwaaa.gif

そんな懐かしのAA置いてるくらい余裕あるならいいですが、大概絶望のどん底に突き落とされることになります。
そんな怪談ネタばかりをを夏よろしくかき集めた怪談話・・・をしてもいいんですが、これ以上人間を絶望に追いやることをするのも憚られるご時世なので、その回避法についての話も上げることにします。


続きを読む ]]> 有機化学 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/476579994 http://orgchemical.seesaa.net/article/474429787.html Markovnikov(マルコフニコフ)則の話 Sat, 11 Apr 2020 09:00:00 +0900 なんだか対面講義が中止になったりとかで、一人講義収録とかユーチューバーになれ指令とか来たりとか、だいぶ様相が様変わりしてきましたね突然。まあこういうことでもない限り変わらんのだけど悪い側面も今後出てくるんでしょうなあ。なんにしても良し悪しはある。一人講義収録を今後進めるとなると、ユーチューバーの講義動画投稿とかもハードル下がってくるんかな。まあ顔出ししたくないのでVtuberでいいすか？(何それはそれとして、ハンコ文化はこれを機に新コロナウイルスとともに根絶やしにされてくださ.. ・今までの基礎有機化学系の投稿リスト というわけで、ここんところ学部生向けのやつをやってなかったんでやってみようと3月に思い始めてもう4月。 てかもうこれ以上なにやればいいのよ、丸々講義やるわけにもいかないしネタが・・・ 【大学有機化学】マルコフニコフ則とは？わかりやすく解説！アルケンの反応の選択性はカルボカチオンの安定性で決まる！ |дﾟ) よし、パクろ というわけでMarkovnikov則をやります。 ところで高校の化学で「マルコフニコフ則」を初めて聞いたとき、「マルコフニコフソク」までが人名だと思ってやっぱロシア人の名前はなげーなあ、ってなってたのは僕だけですかそうですか。 あと高校の時に同時に覚えたはずのザイツェフ(Saytzeff)則って大学入って以降一切名前見ないよね 続きを読む ]]> ユーチューバーになれ指令とか来たりとか、だいぶ様相が様変わりしてきましたね突然。まあこういうことでもない限り変わらんのだけど悪い側面も今後出てくるんでしょうなあ。なんにしても良し悪しはある。一人講義収録を今後進めるとなると、ユーチューバーの講義動画投稿とかもハードル下がってくるんかな。まあ顔出ししたくないのでVtuberでいいすか？(何
それはそれとして、ハンコ文化はこれを機に新コロナウイルスとともに根絶やしにされてください。

・今までの基礎有機化学系の投稿リスト

というわけで、ここんところ学部生向けのやつをやってなかったんでやってみようと3月に思い始めてもう4月。
てかもうこれ以上なにやればいいのよ、丸々講義やるわけにもいかないしネタが・・・






|дﾟ) よし、パクろ


というわけでMarkovnikov則をやります。
ところで高校の化学で「マルコフニコフ則」を初めて聞いたとき、「マルコフニコフソク」までが人名だと思ってやっぱロシア人の名前はなげーなあ、ってなってたのは僕だけですかそうですか。
あと高校の時に同時に覚えたはずのザイツェフ(Saytzeff)則って大学入って以降一切名前見ないよね

続きを読む ]]> 基礎有機化学 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/474429787 http://orgchemical.seesaa.net/article/474217387.html 触媒っぽく見えない触媒分子のはなし Thu, 26 Mar 2020 09:00:00 +0900 (3/27 FLP1電子移動の記述を若干変更)触媒開発どころか考えてみたら触媒反応開発すらやってこなかった身なので、金属リガンド設計やら有機触媒分子設計やらができる人ってすごいなあって昔からずっと思ってます。なんでこんなんで不斉出ると思ったんやとか、これで触媒再生して活性出せるってすごくね？とか。最近だとBen Listの超かさ高い有機強酸触媒とか「でけーよ」ってなるし。中には「えっ、そもそもこれ触媒でまわるの？」ってものもあったり。というわけで、そんな感じでどうにも「これほ.. 続きを読む ]]>
触媒開発どころか考えてみたら触媒反応開発すらやってこなかった身なので、金属リガンド設計やら有機触媒分子設計やらができる人ってすごいなあって昔からずっと思ってます。なんでこんなんで不斉出ると思ったんやとか、これで触媒再生して活性出せるってすごくね？とか。最近だとBen Listの超かさ高い有機強酸触媒とか「でけーよ」ってなるし。


中には「えっ、そもそもこれ触媒でまわるの？」ってものもあったり。というわけで、そんな感じでどうにも「これほんとに触媒なの？」というような分子による最近の触媒反応をあつめてみました。結果、遷移金属じゃなくて有機(っぽい)分子触媒での反応になるので金属屋さん怒らないでちょ。


続きを読む ]]> 有機化学 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/474217387 http://orgchemical.seesaa.net/article/473895308.html ジアゾやアジドを使わない話 Tue, 10 Mar 2020 09:00:00 +0900 (2020.3.10：西沢先生のくだりを訂正、2020.05.18：スルホキソニウム種に関して論文と関連リンクを追加)全世界で不要不急のありとあらゆるイベントがなくなってますけど、これって任期付き職にとって大ダメージじゃないですかね？？？？いや、論文主体の分野ならまだましだけど、カンファレンス発表実績とか紀要メインだと致命傷では？？？？はーつらい(ヽ’ω`)MITが 3/5付でCOVID-19対応ポリシーを発表原則、（目的国を問わず）全ての海外出張中止！プライベートでの海外旅.. https://t.co/mQJfmV3eHz— Masaki Oshikawa (押川 正毅) (@MasakiOshikawa) March 6, 2020 ハーバード大学いまから4/30まで海外出張全面禁止プライベートな海外旅行も "strongly discouraged"アメリカ国内出張も必須なもの以外は禁止プライベートな国内旅行も厳重な注意喚起必須でない100人以上の会合は強く中止を勧告https://t.co/Afa72p3d5M米大学の中でもかなり強い措置 pic.twitter.com/y1rvOEc3X1— Masaki Oshikawa (押川 正毅) (@MasakiOshikawa) March 7, 2020 「仮想化」って選択肢あるのすげー時代だなって。 ということで、不要不急のブログを更新しておりますこんにちは(時節柄の挨拶)。 まあ3か月更新なかったしいいじゃんいいじゃん(偉そうに言わない さて本題。 化学実験も大昔とは比べ物にならないほど安全に気を使うようになっています。大昔なんて(ピペッターなんてないから)ホールピペットで口使ってベンゼンとか吸ってたとか、タバコ吸いながらエーテルで分液振ってるとか、現代視点で見たらクレイジーとしか言いようがないことがあったわけですが、今や作業環境の大気測定とかでひっかかったら実験そのもの止められちゃうし、ドラフトチャンバーの実装もどんどん進んで(進めさせられて)います。 実験環境を整備するのはまあ考えてみたらむしろやってなかった方がまずいわけですが、実験そのもの、使う試薬類についてもそういう話はますます注目を集めるようになってきました。ごく最近では、頻繁に使われてきたペプチド縮合剤でアナフィラキシーショック起こしたという話や、ジクロロメタンをぶっ刺して入れちゃったらどうなるのっと→結果、見たいな超衝撃論文も話題になりました。 Anaphylaxis Induced by Peptide Coupling Agents: Lessons Learned from Repeated Exposure to HATU, HBTU, and HCTU K. J. McKnelly, W. Sokol, J. S. Nowick J. Org. Chem. 2020, 85, 1764. Safety First: A Recent Case of a Dichloromethane Injection Injury S. Vidal ACS Cent. Sci. 2020, 6, 83 こんな風に直接暴露での人体に対する影響も広く認知されるようになりましたが、生物活性的なこういうことのほか、爆発等の物理的な危険性を示す物質に対しても、その代替法を模索する動きは昔からあります。ジアゾメタンとか使えるんかな今、いろんな事考えるとやりたくないし、多少収率低くてもTMS-ジアゾメタンにしたいところ。この辺は前にも書きましたが、こう言った安全性の向上は近年でも大きな研究テーマとなっています。 TMSジアゾメタンの話 こうした、代替法について、特に爆発だなんだと嫌がられるジアゾ(N2)、アジド(N3)について最近の例を挙げてみることにします。 Diazo-Azide00.jpg 続きを読む ]]>
全世界で不要不急のありとあらゆるイベントがなくなってますけど、これって任期付き職にとって大ダメージじゃないですかね？？？？
いや、論文主体の分野ならまだましだけど、カンファレンス発表実績とか紀要メインだと致命傷では？？？？
はーつらい(ヽ’ω`)





「仮想化」って選択肢あるのすげー時代だなって。

ということで、不要不急のブログを更新しておりますこんにちは(時節柄の挨拶)。
まあ3か月更新なかったしいいじゃんいいじゃん(偉そうに言わない
さて本題。

化学実験も大昔とは比べ物にならないほど安全に気を使うようになっています。大昔なんて(ピペッターなんてないから)ホールピペットで口使ってベンゼンとか吸ってたとか、タバコ吸いながらエーテルで分液振ってるとか、現代視点で見たらクレイジーとしか言いようがないことがあったわけですが、今や作業環境の大気測定とかでひっかかったら実験そのもの止められちゃうし、ドラフトチャンバーの実装もどんどん進んで(進めさせられて)います。

実験環境を整備するのはまあ考えてみたらむしろやってなかった方がまずいわけですが、実験そのもの、使う試薬類についてもそういう話はますます注目を集めるようになってきました。ごく最近では、頻繁に使われてきたペプチド縮合剤でアナフィラキシーショック起こしたという話や、ジクロロメタンをぶっ刺して入れちゃったらどうなるのっと→結果、見たいな超衝撃論文も話題になりました。

Anaphylaxis Induced by Peptide Coupling Agents: Lessons Learned from Repeated Exposure to HATU, HBTU, and HCTU
K. J. McKnelly, W. Sokol, J. S. Nowick
J. Org. Chem. 2020, 85, 1764.

Safety First: A Recent Case of a Dichloromethane Injection Injury
S. Vidal
ACS Cent. Sci. 2020, 6, 83


こんな風に直接暴露での人体に対する影響も広く認知されるようになりましたが、生物活性的なこういうことのほか、爆発等の物理的な危険性を示す物質に対しても、その代替法を模索する動きは昔からあります。ジアゾメタンとか使えるんかな今、いろんな事考えるとやりたくないし、多少収率低くてもTMS-ジアゾメタンにしたいところ。この辺は前にも書きましたが、こう言った安全性の向上は近年でも大きな研究テーマとなっています。

TMSジアゾメタンの話


こうした、代替法について、特に爆発だなんだと嫌がられるジアゾ(N2)、アジド(N3)について最近の例を挙げてみることにします。


Diazo-Azide00.jpg


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2019年論文オブザイヤー改め2019年論文を振り返る話
①構造有機・保護脱保護・天然物編
②試薬・装置・反応編


2019年論文振り返り企画第三弾！！

最後は「③インフォマティクス・安全性・総説論説・その他おまけ編」
もういろんなのいっぱい。AIやら総説やら安全関係やら論文取り下げまでなんでもあり！
ぬわああああん疲れたもおおおおん


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お次は「②試薬・装置・反応編」ですよ。
備忘録リスト的には毎年これが本体なのです！行くのです！



2019年論文オブザイヤー改め2019年論文を振り返る話
①構造有機・保護脱保護・天然物編
③インフォマティクス・安全性・総説論説・その他おまけ編



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今年もこの時期がやってまいりました。てか恒例みたいになっちゃってるけどいいのこれ？
まあ好評らしいのでよしとしましょう。

↓いままでのやつ
・2017年有機合成化学論文オブザイヤーを勝手に選んでみた
・「2018年論文オブザイヤーを選んでみた」あらため「2018年論文を振り返ってみた」



で、早速ですが今年、

もう論文を絞るのを放棄しましたc(⌒っ.ω.)っ

いやね、絞りに絞っても各分野どう考えても10報あるし、多いやつ20報とか残っちゃったからもうオブザイヤーもへったくれもないですわ(例年そうなってるのは内緒)。まあいいや、最近論文も論文誌も増えに増えちゃったから、もう年のあたまに出た論文なんて覚えてないんすよね。そういう意味で論文一年分を丸ごと振り返るのもきょうびアリなのではというお気持ち。あと、やっぱり大口の仕事は覚えてるけどチョイテクとか地味だけど使えそうっていうやつはどうしても埋もれちゃうので、そういうのを中心に意識的に載せるようにしてます(読める論文誌の問題から制限あるけど)。

その結果、ついに今年は1回で納めることすら不可能になったので分割することにしました(；´Д｀)



そんなわけで2019年論文オブザイヤーその①は「構造有機・保護脱保護・天然物」編です！
分割してもやっぱりなげーぞ、覚悟しろ！



2019年論文オブザイヤー改め2019年論文を振り返る話
②試薬・装置・反応編
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続きを読む ]]> 有機化学 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/472261490 http://orgchemical.seesaa.net/article/471242406.html ChemDraw Ver 19.0を触ってみた(Ver19.1も追記) Thu, 31 Oct 2019 09:00:00 +0900 (2019.11.20: Arialのままでも日本語がかける話を追加, 2020.04.14: Ver19.1アップデートでのエラーちょっと改善について追記)ChemDrawの最新版、Ver19.0が10月28日公開になりました。(追記：Ver19.1も2020年4月14日に公開)Release Announcement - ChemOffice and ChemDraw version 19.0 (Perkin Elmer)ChemDrawは(管轄がPerkin Elmer.. Release Announcement - ChemOffice and ChemDraw version 19.0 (Perkin Elmer) ChemDrawは(管轄がPerkin Elmerになってから？)、サイトライセンスであっても個々人でのアカウント作成→アカウントごとにダウンロードセンターからのアップデートが前以上に簡単にできるようになっています。 というわけでその追加機能等の紹介とその他について、人柱として大慌てで簡単に紹介します。 ChemDraw00Logo19.png 続きを読む ]]>
ChemDrawの最新版、Ver19.0が10月28日公開になりました。(追記：Ver19.1も2020年4月14日に公開)

Release Announcement - ChemOffice and ChemDraw version 19.0 (Perkin Elmer)

ChemDrawは(管轄がPerkin Elmerになってから？)、サイトライセンスであっても個々人でのアカウント作成→アカウントごとにダウンロードセンターからのアップデートが前以上に簡単にできるようになっています。
というわけでその追加機能等の紹介とその他について、人柱として大慌てで簡単に紹介します。


ChemDraw00Logo19.png


続きを読む ]]> 化学とネット・PC 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/471242406 http://orgchemical.seesaa.net/article/471052177.html ブログ始めて10年目らしいですよ Sat, 26 Oct 2019 22:51:00 +0900 というわけで10年目を迎えたようです。全然更新できてませんけど()いつの間にやらおかげさまで長寿ブログになっていました。9年で180ちょいっていうとほんとに1か月に2度くらいしか更新してないってペースなんですが、よー続いたもんだ。逆にこれくらいの頻度の方がやってる方は気楽なんですけどね。元々大学生あたりからなんかブログやりたい的には思ってて、2010年10月に重い腰を上げてこれを立ち上げました。別に教えるとかそういうことはあんまし考えてなくて、学生のころから疑問だったことを自..
いつの間にやらおかげさまで長寿ブログになっていました。
9年で180ちょいっていうとほんとに1か月に2度くらいしか更新してないってペースなんですが、よー続いたもんだ。逆にこれくらいの頻度の方がやってる方は気楽なんですけどね。


元々大学生あたりからなんかブログやりたい的には思ってて、2010年10月に重い腰を上げてこれを立ち上げました。別に教えるとかそういうことはあんまし考えてなくて、学生のころから疑問だったことを自分で調べて納得するためのモチベーションを持つ＋学生やめてもなお自分用に輪講っぽい課題を課して勉強することが最大の目的だったりします。そういった理由から、論文を1報だけ取り上げて紹介するといったことは基本せず、反応や合成法、化学種、元素といった1テーマを決めてそれを取り上げる形を現在もとっています。特に新しい領域やろうとしたときは、自分で調べるだけだと好きなだけハードル下げられちゃうし期限もないしで効率的にならないんですが、こういったブログ書きを自分で課すことでいい感じのプレッシャーになってます。ドMですねはい。

おかげで論文一報一報の紹介は薄いですが(最近著作権とかの関係か、Youtuberの論文紹介とかもなんか論文誌側が圧力かけてるから薄い方が安心ではあるけど)、総説概説っぽい感じに毎度なってしまっているので、更新回数少ないので申し訳ない。個人的には勉強になって満足してるので止める気はないです(ぉ

あとはデータベースとかリンク集作って自分の備忘録にするといったことですね。要するに他人のためというかマジで自分のためにやってる側面がデカいです。実際特殊記号等ショートカットのやり方や「あれあの論文どれだっけ」ってなったとき、自分のブログをググって見に行く始末・・・(おじいちゃん自分で書いたのにわすれちゃったの？


こんな感じのゆるふわ個人ブログでやってたんですが、ここ数年割と読まれていることを(いまさら)実社会でも知りまして、学生のみなさんに多少なりとも影響を与えていたのかと感慨深いやら恐ろしいやら。


ところで「たゆたえども沈まず」って、別にbuzzるつもり一切なかったから別に思い入れとか特にないんですが、漫画「バーテンダー」(原作：城アラキ、作画：長友健篩, ジャンプコミックス)の10巻にある話が好きだったので、そこからとったので特に開高健とか関係くて漫画です。最近でたゴッホの話の本とかも関係ないです。まあ全部元をたどるとフランス・パリ市の標語ではあるんですけども。
ここまでになってしまって若干中二病的なブログ名にしたのはちょっと後悔してますが、そういうこと関係なく一番よくなかったのは


このタイトル、任期付きの人間が付けちゃダメだね！沈んじゃうね！

という点ですかね()

そんなわけであとどれだけ沈まずにいられるかわかりませんが、変わらずもうしばらくお付き合いいただけますと幸いです。
かけんひおわったし来月あたりから再開したいなーという願望。 ]]> 有機化学雑記 樹 blog:https://blog.seesaa.jp,orgchemical/471052177