よくアクセスがあるものをまとめておきました。右バーのカテゴリ別も参照ください。

レポート・実験データ等のまとめ
・研究室に貼っておくと便利な表などをあつめてみた(現在も随時更新追加中)
・検索・計算に使える化学サイトをあつめてみた
・特殊記号の出し方・ショートカットキーまとめ
・MS WORDショートカットや特殊アルファベットの入力法まとめ
・Powerpointのショートカットキー
・出版社ごとのオープンアクセス化費用をまとめてみた(有機合成化学向け)
・ネットコンテンツを参考文献に挙げる話
・情報ソースはウィキペディア、な論文の話
・タダで読めるけど・・・-オープンジャーナルのあやしい世界
・最近のOLのはなし

材料化学・自然化学・疑似化学
・ボーイング787の窓の秘密とクロミック材料の話
・アメフラシの紫汁の謎
・タコが光ってもいいじゃなイカ!-青い毒タコ・ヒョウモンダコ科の秘密-
・やけど虫の毒と抗がん活性
・世界一大きい花の臭いの話
・竜の血の赤、虫の赤
・撤回された天然竜血分子が全合成で確かめられた話
・はじけるキャンディ・ドンパッチの話
・危険なDHMO? SDS(MSDS)の話
・水を脱水した話
・高校生が高価な薬分子を格安で作った、という話
・人工分子は天然に存在しないのか―抗がん剤分解物は妖精さんだった話―
・創薬分子が天然から採れた!!と思ったら・・・な話

有機合成化学実験
・Swern酸化の利点
・光延"反転"の話
・実験、爆発:やってはいけない組み合わせ
・モレキュラーシーブスは塩基か酸性か
・TBAFにモレシな話
・モレキュラーシーブスの乾燥法で収率が変わった話
・原料の不純物で反応が行ったり行かなかったりした話

大学講義の初級有機化学
・フィッシャー投影式をジグザグ式に変換する方法
・ニューマン投影式の理解の仕方
・R/S表記やE/Z表記など

2021年03月06日

校正履歴が残ったSupporting Infoの話

2020年論文オブザイヤー回?知らない子ですねえ・・・・(完全にあきらめた


それはさておき、新しい論文が出た時、論文本体だけで(´つヮ⊂)ウオォォ!!!と盛り上がることが大半です。そりゃそうです。性善説で成り立ってるし、ニュースのソースとファクトまで全員が追ってないのと同じです。で、論文はそのためのファクトソースとしてSupporting Information (SI)という、論文本体とは別に用意されているデータ等を載せた別ファイルがあり、投稿時に提出が必須となっています。論文本文ばかりに目が行きますが、元々大変なのにこれまでの数々の輩のせいでデータチェックが非常にというか異常なレベルで厳しくなった今や、労力の大半がこのSI作成とデータ収集に費やされることになっています。でも偉い人ほどザルだな?

その一方、論文本体は購読しないと読めないですが、SIは多くの場合完全にオープンになっていて、誰でも読めるようになっています。そういう意味では、誰でも実験をトレースできるようなスタイルには元々論文誌はなっているのです。実際実験してると、実験方法の参照だったりデータの照合だったりで本文よりも見ることが多いのですが、SIって実はかなり適当で、著者ごとに体裁が大幅に違ってたりします。論文本体は投稿した先の論文誌フォーマットに従って直されるのにね。そのせいか、論文出版後にもかかわらず、SIとして完成稿になってない、特に校正途中と思われるファイルが出されたパターンも見ることがあります。
今回はそんなものを集めてみました。
(実際には探し回って見つけるほど暇じゃないので、これまでに見つけたコレクションから載せてます。コレクションしてる時点で暇人だな?


今回用があるのはクソ高い金を払わないと読めない論文本体ではなく、オープンになってて誰でも読めるSupporting Information (SI)の方です。なのでみなさん各自で確認可能です。

まずはこちら。というかいきなりこれ。
Evansアルドールでみんな知ってる有機合成化学の超御大、David Evansの論文(他の著者2人も現役アカデミア)。
そのSIをみると、なんとD.A. Evans御大本人からの校閲コメントがばっちり残っているのです、しかも結構な数。

Scope and Mechanism of Enantioselective Michael Additions of 1,3-Dicarbonyl Compounds to Nitroalkenes Catalyzed by Nickel(II)−Diamine Complexes
D. A. Evans, S. Mito, D. Seidel
J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11583


何がすごいって重鎮のPIであるEvans本人が、引用番号直したり間違ってる構造式直したりとかまでちゃんとデータとかチェックしてるっていう証拠でもあるんですよねこれ。NMRまで見てるのかどうかしらんけど。いやあEvansみてるんだすごいな、ってなりました。これされると「PI忙しいからデータなんか見てられない」って言い訳使えないですねえ。

大方コメント消し忘れと反映忘れファイルを出したからなんだと思いますが、むしろこれは差し替えずにレガシーとして保存しといてもらいたいところです。

ちなみに著者のひとりShizue Mito(三刀静恵)先生の「化学と工業」のコーナーはなかなかに面白くもあり、女性研究者の置かれている(置かれていた?)状況もよくわかりますので一読をお勧めします。だれですか「『化学と工業』は鍋敷き」とか言ってる人は。

人生万事塞翁が馬 (PDF)
(Mito groupにuploadされてる日本化学会「化学と工業-この人紹介-」のコーナー切り抜き)
Mito Group (University of Texas Rio Grande Valley)



さて次はこれ。
論文の中身はどうでもいいですが(ぉぃ)、
SIをみると・・・・・・・真っ黄色!!!!!

Highly efficient hydroboration of carbonyl compounds catalyzed by tris(methylcyclopentadienyl)lanthanide complexes
X. Bao, et al.
Org. Biomol. Chem., 2018,16, 2787


後で修正しよ、と思ってハイライトしたのか、チェック項目をハイライトしたのかはわかりませんが、とにかくMS Wordでの色ハイライト(デフォルトが黄色)がほぼ全編にわたって残っているというすごいやつです。
目がぁーーーー目がぁーーーーーー!!!!(CV: ムスカ大佐)
いや部分的に残ってるんならしょうがないけどここまで大量にってのはそうそうないですよ、チェックせえよ出す方も載せる方も。

実はこの手の黄色ハイライトが残ってるSIってのは割とあって、最近のJACSや日本人の論文にもあるのを確認しています。次からはその日本人の論文をみていき(銃声


最後は有名なこいつ。

Synthesis, Structure, and Catalytic Studies of Palladium and Platinum Bis-Sulfoxide Complexes
R. Dorta
Organometallics 2014, 33, 627

エマ、NMRデータをここに (村井君のブログ)


SIの12枚目に
"Emma, please insert NMR data here! where are they? and for this compound, just make up an elemental analysis..."

なる謎の文章が。そしてこの文章の"make up"が「でっちあげる、ねつ造する」という意味を含んでいたことからさあ大変。海外を中心に『PIによるねつ造の指示だ!』と話題になり大炎上と相成りました。Evansみたいな校閲コメントじゃなくて本文に、しかも色ハイライトせずに書いちゃったのも敗因の一つですねこれ。ちゃんと校閲機能を使ってチェックのやり取りしましょう。
ちなみに、MS WORD上で変更履歴のオン/オフの切り替えは[Ctrl]+[Shift]+[E]で、校閲コメントの追加は[ctrl]+[alt]+[M]のショートカットでできるぞい!(突然の豆知識


なお後にこの論文はCorrectionが出されたのですが、データ本論に関係ないとは言え、とんでもない量の細かい修正が挙げられることになりました。これネットの掘り出しで見つかったのが大半ちゃうん?にしてもだいぶひどい修正なので炎上しといてよかったんでは感。

Correction to Synthesis, Structure, and Catalytic Studies of Palladium and Platinum Bis-Sulfoxide Complexes
Organometallics 2014, 33, 829


という感じで、キレイな論文本体では見えてこないSIを見てきました。ってかこれ著者側の確認以前に論文誌editor側もだいぶ見てないな?これ。
いやあ存外にみられてないもんですね、SI。NMRとかMSとかにケチつけられてた今までの査読はなんだったのか。
EvansのJACSなんか校正コメントばっちりあるってことはもうページの形自体が違うやないか、編集側気付けよ!
なんにしてもSIはだれでも見られるオープンなやつなので、実はちゃんとしておかないとダメなんですよね(白目
いや、「実は」ってなんだよちゃんとやれよ。


最近のOLのはなし

Data Integrity
A. B. Smith, III
Org Lett 2013, 15, 2893-2894

"In some of the cases that we have investigated further, the Corresponding Author asserted that a student had edited the spectra without the Corresponding Author's knowledge. This is not an acceptable excuse! The Corresponding Author (who is typically also the research supervisor of the work performed) is ultimately responsible for warranting the integrity of the content of the submitted manuscript."



posted by 樹 at 21:43| 研究・論文不正 | 更新情報をチェックする
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