たゆたえども沈まず-有機化学あれこれ-

まだ生きてたの？このブログ(呆
というわけで＞6か月振りの更新です。論文出してたり某誌で連載が始まったりプレスにリリースしたりしてる程度にはとりあえず生きてます。まだ沈んでないよー、たぶん。

さてその論文投稿、英語論文原稿の校閲は、これまで外部業者に出してきたのですが、金かかるのは置いといて、これ意外と困るんですよ。Submit前に校閲出して修正→submitするわけですが、出したやつがそのまま通る事なんてそうそうありません。このあとrejectされたりrejectされたりmajor revisionで無茶振りされたりするわけです。追加実験で本文原稿が増えたり追加項目で話の流れが変わったりすることもそうですが、別の論文誌、特に速報誌Communicationsから「フルペーパーとして出せ」と言われると、原稿も大幅に増強しないといけなくなります。となると、最初に投げた校閲が結局形を成さなくなる場合も。それとは別に個人的な事情として、金の出しどころが難しいタイミングだったので(なんで使途がやけに厳密に決まるんですかねこういうの)、外部英文校閲に出さなくてもどうにかならんものか、という状態になっておりました。

そんな中、英文のお手軽かつ(そこそこ)ちゃんとした翻訳を出してくれる機械学習型翻訳DeepLがそれなりに前から話題になっていたこと、そして機械学習型英文校閲サービスGrammarlyの評判も上がってきたこともあり、この二つを駆使して論文を書いてみることにしました。

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ビルやタワーのような建造物と同じように、ミクロな建造物ともいえる分子の形も有機無機にかかわらず人を惹き続けてきました。実用性や機能性とかはさておき形だけでも注目を集めるあたり、テンプレビルよりもどうかしてる(誉め言葉)形状の建造物が目立つのと同じ匂いがします。

そんな分子のなかで、3角形のシクロプロパン環と4角形のシクロブタン環がつながった分子構造は通称ハウサン骨格と言われています。"Housane"という名前からも分かる通り、シクロプロパンを屋根とした「家」の見た目からつけられています。いいの？そんな名前の付け方で。



※ハウサン骨格自体には煙突もといMeは要りません(ツッコむとこはそこなのか


作り方にもいろいろあるんだとは思いますが、最近では5角形のシクロペンタンからの分子内SN2反応でトイメンの頂点とつないでハウサンのカルボン酸を100gスケールで作ってしまうという報告が出てきました。ウクライナが誇るEnamine社のグループですが、東欧・旧ソ連界隈ってこういうマニアックなことやってくるから好き。

Building the Housane: Diastereoselective Synthesis and Characterization of Bicyclo[2.1.0]pentane Carboxylic Acids
O. O. Grygorenko, et al.
J. Org. Chem. 2020, 85, 4, 2321.

なお、分子構造としては家のような平面ではなく、四角形シクロブタンを平面とした場合に屋根は紙面に対してほぼ直角に立っています。結構無理がある形をしてはいますが、『どう考えてもむりでしょこれ』という構造も自然界は作り上げてしまうのでないとは言い切れません。

天然物はどこまで歪めるか

そんな一軒家分子が最近出てきたので、その話を。

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2020年論文オブザイヤー回？知らない子ですねえ・・・・(完全にあきらめた


それはさておき、新しい論文が出た時、論文本体だけで(´つヮ⊂)ｳｵｫｫ！！！と盛り上がることが大半です。そりゃそうです。性善説で成り立ってるし、ニュースのソースとファクトまで全員が追ってないのと同じです。で、論文はそのためのファクトソースとしてSupporting Information (SI)という、論文本体とは別に用意されているデータ等を載せた別ファイルがあり、投稿時に提出が必須となっています。論文本文ばかりに目が行きますが、元々大変なのにこれまでの数々の輩のせいでデータチェックが非常にというか異常なレベルで厳しくなった今や、労力の大半がこのSI作成とデータ収集に費やされることになっています。でも偉い人ほどザルだな？

その一方、論文本体は購読しないと読めないですが、SIは多くの場合完全にオープンになっていて、誰でも読めるようになっています。そういう意味では、誰でも実験をトレースできるようなスタイルには元々論文誌はなっているのです。実際実験してると、実験方法の参照だったりデータの照合だったりで本文よりも見ることが多いのですが、SIって実はかなり適当で、著者ごとに体裁が大幅に違ってたりします。論文本体は投稿した先の論文誌フォーマットに従って直されるのにね。そのせいか、論文出版後にもかかわらず、SIとして完成稿になってない、特に校正途中と思われるファイルが出されたパターンも見ることがあります。
今回はそんなものを集めてみました。
(実際には探し回って見つけるほど暇じゃないので、これまでに見つけたコレクションから載せてます。コレクションしてる時点で暇人だな？


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ご存じの通り東北で大きな地震が発生しました。
今また研究室での安全管理対策、耐震などを考え直す、または改めてチェックしているところも多いかと思います。

これに関連して、有機合成化学協会誌が過去の震災関連記事をオープンアクセスにしました。体験者が語る大変重要なことがいくつも書かれています。とりいそぎ、そのOA化のお知らせがてら、関連する雑誌なども併せて載せておきます。


【有機合成化学協会誌】
震災関連記事のオープンアクセス化について

・熊本地震からの復興と教訓 (2017年, 石川 勇人, 西野 宏, 中島 誠, 小谷 俊介)
・大地震に遭遇して (2011年, 桑原重文)
・阪神淡路大震災 : 災害からの復興と教訓 (1997年, 加藤次裕)
・阪神大震災からの復興 : 甲南大学有機化学研究室の事例 (1997年, 山田 隆己)


【日本化学会「化学と工業」】
未曽有の東日本大震災。心構えと必要な緊急対策 (2011年, 山本嘉則)



現代化学、月刊化学は出版社サイトですので各自ご購入ください(と書いてる本人も持ってないので買わないとこれは・・・特に2011年の現代化学9月号と月刊化学12月号)。ただし、だいぶ前のバックナンバーで在庫がどんなもんなのかが読めないので、大学図書館などで探したほうが確実かもしれません。


【東京化学同人】
研究室を地震から守るには━東日本大震災の教訓━ (現代化学2011年9月号)

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2021.2.18 追記

東京化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたのでリンク先を変更しました。

【記事公開のお知らせ】10年前の大地震のあと、研究室を守るための教訓を大勢の先生方にご協力いただき記事にまとめました。バックナンバーが入手しづらいため無料公開いたします。10年前の内容ですが、今後の備えに少しでも役立ちましたら幸いです。https://t.co/XKrlJjObyB pic.twitter.com/3kHfUSNh5R

— 東京化学同人 (@tkd_pbl) February 17, 2021

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【化学同人】
・月刊「化学」東日本大震災の地震対策関連資料の公開 (月刊化学2011年12月号)

・【特集】東日本大震災─科学者たちが語る被災体験と提言 (月刊化学2011年5月号)
・【特集】理工系大学の「根本的な地震対策」を考える (月刊化学2011年12月号)
・【特集】福島第一原子力発電所事故から10年──廃炉への化学のかかわり (月刊化学2021年3月号)
↑地震対策とは直接関係ないですが、関連の新刊ということで載せました

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2021.2.22 追記
化学同人様から上記の無料公開のアナウンスがありましたので上記公開リンクを追加しました。

月刊「化学」東日本大震災の地震対策関連資料の公開https://t.co/iXmMDRzr2a
2021年2月13日の地震で，多くの方がご自身の研究環境での安全管理対策，耐震対策などを改めてご検討されていらっしゃることと存じます．その一助になればと，2011年12月号の『化学』特集記事を無料公開します！

— 化学同人 kagakudojin (@kagakudojin) February 22, 2021

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こっそり(?)場所移ったんですよ。そういうわけでなんというかですね、公私ですね、その



というわけで毎年やってた「論文オブザイヤー」の2020年版、マジで無理でした_(:3」∠)_
いや候補論文は年初から集めてていっぱいあるんですが、整理と準備までは_(:3」∠)_
まあこのブログ自体着弾して半年以上たってから始めたわけだし、落ち着くまでしばらくは仕方ないね( ˘ω˘ )
(突然の正当化
そんなわけで2020年論文オブザイヤー、年度内に上げるのを当座の目標にします・・・(震え声

年々更新頻度が下がってますが、今年は(これ除いて)4つは書きたいところ。他にも、前と同じことしててもアレなのでなんか新しい動きが出来たらなあ、と思ってます。
が、この出歩けない＆外出学会もない状況だとそれもきっついな？あ、Youtuberはやーよ。